支付宝用户可以按照以下流程在支付宝上缴纳农村合作医疗保险：

1、打开支付宝，在首页点击【城市服务】；

2、点击【社保】——【自然人缴纳社保费】；

3、如果是使用自己的支付宝账号缴纳，那么直接点击确定即可，如果是替他人缴纳，则先勾选“是否代缴”，并输入代缴人的姓名和身份证号码，再点击确定；

4、勾选“城乡居民基本医疗保险”，并点击确定；

5、点击【缴费】并付款即可。

最后要提醒一下大家的是，支付宝只对部分城市开放了这一缴费功能，还未向所有的城市开放这一缴费功能，所以如果在支付宝上没有找到缴费入口的话，就代表着支付宝暂时还没有在这一城市开放缴费功能。